伯豪生物 CNV 芯片服務，有兩種芯片可供選擇！ | ||
芯片名稱 |
Affymetrix CytoScanHD 芯片 |
Affymetrix OncoScan FFPE 芯片 |
儀器平臺 |
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應用領域 |
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樣本要求 |
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案例展示 |
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1、Affymetrix CytoScanHD 芯片
拷貝數變異（Copy Number Variation，CNV）作為一種介于染色體變異和 DNA 序列變異中間尺度的變異類型，已被證明與多種遺傳性疾病和腫瘤密切相關。目前，在產前遺傳病篩查和新生兒疾病診斷領域中，CNV 變異已成為必不可少的檢測項目；在癌癥研究領域，CNV 也已被多項研究證明參與了癌癥的發生和發展，其數量和復雜程度更是許多癌癥的預后指標?；蛐酒菣z測 CNV 變異常用的方法之一，有著可靠、重復性好、分辨率高的特點。
CytoScanTM HD 芯片是 Affymetrix 公司基于經典產品 SNP 6.0 基礎上研發的一款用于檢測人類基因組染色體畸變的芯片。通過 CytoScanTM HD 芯片，可以準確檢測基因組拷貝數變異，得到高分辨率的拷貝數分析結果。
Affymetrix 芯片平臺 GeneChip?Scanner3000 掃描儀
CNV 檢測在產前遺傳病篩查、新生兒疾病診斷、癌癥研究領域都有廣泛應用。
伯豪是通過 Affymetrix 認證的技術服務供應商，質量穩定，售后有保障；
項目經驗豐富，特別是在腫瘤隊列相關分析中可提供多樣化的分析；
對接伯豪特色的生物標志物開發服務，使用機器學習算法開發基于腫瘤 CNV 的生物標志物；
伯豪擁有完整的組學平臺，可提供多組學的一站式解決方案。
血液樣本：EDTA 抗凝，2ml，-20℃冰箱保存；
新鮮冰凍組織：液氮冷卻、-80℃冰箱保存；
樣品量：
DNA 樣品濃度：≥50ng/μl；
DNA 樣品總量：≥2ug。
案例一：【伯豪文獻】內臟異位綜合征患者中罕見拷貝數變異的新發現
內臟異位（Heterotaxy）是一組廣泛累及心臟及眾多心外器官的綜合畸形，大約 90% 的 Htx 患有嚴重的先天性心臟病。遺傳學研究表明是因胚胎期內臟左右體軸非對稱結構的無法正常建立而導致的綜合征，可分左側異構及右側異構。隨著對該病認識和檢測方法的提高，越來越多的內臟異位綜合征被早期甚至胎兒期確診。目前內臟異位綜合征并發心臟畸形的治療效果并不理想，并且大多數 Htx 病例的潛在病因和機制仍然未知，因此通過分子生物學的技術探究致病機制尤為重要。
本項研究首先對散發的 Htx 患者進行 Affymetrix CytoScan HD 微陣列芯片分析，發現新的罕見拷貝數變異，然后進一步分析變異片段上的基因尋找可能的致病基因，并通過斑馬魚原位雜交、反義嗎啉環寡聚核苷酸基因敲降技術、mRNA 過表達、CRISPR/ Cas9 技術，闡明候選基因在左右軸不對稱發育中的重要作用。
本研究發現 Htx 患者中的 19 種罕見 CNV，包括 5 個雜合性缺失，4 個基因區段的重復以及 10 個至少包含一個基因的重復區段。對 19 種罕見 CNV 進一步分析鑒定出 6 種與左右分化有關的新的潛在候選基因（NUMB，PACRG，TCTN2，DANH10，RNF115 和 TTC40）。罕見拷貝數變異是引起散發內臟異位發生的重要原因。對 19 種罕見 CNV 進一步分析鑒定出 6 種與左右分化有關的新的潛在候選基因（NUMB，PACRG，TCTN2，DANH10，RNF115 和 TTC40）。該研究不僅發現了新的罕見拷貝數變異，更重要的是發現 DNAH10、RNF115 這 2 個基因參與左右軸不對稱發育過程，拓寬了對內臟異位綜合征發病機制的認識。通過在斑馬魚中的進一步功能驗證，闡明 dnah10、rnf115、tctn2、pacrg 和 numb 這 5 個基因通過影響左右體軸分子標志物 pitx2/lefty2 的表達模式，進而調控心管的環化。該研究將為內臟異位綜合征的診斷與治療提供理論依據與靶點，進而有望為提高我國人口質量、降低新生兒先天畸形、提高兒童健康水平發揮積極的作用。
Liu C, Cao R, Xu Y, et al. Rare copy number variants analysis identifies novel candidate genes in heterotaxy syndrome patients with congenital heart defects[J]. Genome medicine, 2018, 10(1): 40.
2、Affymetrix?OncoScan?FFPE? 芯片
全基因組拷貝數變異（Copy Number Variation，CNV）在腫瘤的研究中占據十分重要的地位。目前，CNV 已被多項研究證明參與了癌癥的發生和發展，其數量和復雜程度更是許多癌癥的預后指標。2013 年 9 月 Nature 雜志發表了一篇對 3299 份來自于 12 種實體瘤樣本的研究，結論表明腫瘤可以依據驅動因素，分為 M class (mutation driven，基因突變驅動）和 C class (copy number driven，拷貝數變異驅動）。其中，卵巢癌、乳腺癌、肺（鱗）癌及頭頸癌等癌癥中，CNV 類型的驅動突變多于基因突變。這充分表明了 CNV 在腫瘤研究中的重要性。福爾馬林固定、石蠟包埋（formalin fixation and paraffin embedding，FFPE）是腫瘤醫學領域常見的樣本形式。FFPE 樣本通常珍貴且保存時間長，存在樣本量稀少和高度降解的問題。Affymetrix 公司的 OncoScan FFPE 檢測產品針對降解狀態的 FFPE 樣本，開發了分子倒置探針（MIP）技術，在一個試驗中輕松完成拷貝數變異和雜合性缺失（LOH) 檢測，并能檢測常見的獲得性突變。
使用分子倒置探針（MIP) 技術，針對 FFPE 樣本優化設計（探針結合處只需 40bp 的堿基）；
經 7000 多個樣本驗證，試驗成功率 >90%；所需起始 DNA 量少，陳舊 FFPE 樣本也有效（10 年或者更久）；
針對約 900 種癌基因，能達到 50-100kb 拷貝數的分辨率；
癌基因外的全基因掃描，可達到 300kb 的分辨率；
可檢測全基因組 LOH 缺失，包括拷貝數中性的 LOH（copy neutral LOH）；
檢測動態范圍可以高達 10 拷貝以上；
對關鍵癌基因如 ERBB2 (Her2)、EGFR、MDM2、MYCFGFR1 等，證實與 FISH 驗證的擴增一致。
Affymetrix 芯片平臺 GeneChip? Scanner 3000 掃描儀
CNV 檢測在癌癥研究領域都有廣泛應用。
FFPE 切片（10 片左右，切片厚度 10um 左右）
DNA 樣品量要求：
樣品純度：RNA 應該去除干凈；
樣品濃度：濃度不低于 12ng/μl；
樣品溶劑：溶解在 Reduced TE（10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA）中；
樣品運輸：DNA 低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用 parafilm 將管口密封好，以防污染。
伯豪是通過 Affymetrix 認證的技術服務供應商，質量穩定，售后有保障；
項目經驗豐富，特別是在腫瘤隊列相關分析中可提供多樣化的分析；
對接伯豪特色的生物標志物開發服務，使用機器學習算法開發基于腫瘤 CNV 的生物標志物；
伯豪擁有完整的組學平臺，可提供多組學的一站式解決方案。
案例一：【伯豪文獻】內臟異位綜合征患者中罕見拷貝數變異的新發現
內臟異位（Heterotaxy）是一組廣泛累及心臟及眾多心外器官的綜合畸形，大約 90% 的 Htx 患有嚴重的先天性心臟病。遺傳學研究表明是因胚胎期內臟左右體軸非對稱結構的無法正常建立而導致的綜合征，可分左側異構及右側異構。隨著對該病認識和檢測方法的提高，越來越多的內臟異位綜合征被早期甚至胎兒期確診。目前內臟異位綜合征并發心臟畸形的治療效果并不理想，并且大多數 Htx 病例的潛在病因和機制仍然未知，因此通過分子生物學的技術探究致病機制尤為重要。
本項研究首先對散發的 Htx 患者進行 Affymetrix CytoScan HD 微陣列芯片分析，發現新的罕見拷貝數變異，然后進一步分析變異片段上的基因尋找可能的致病基因，并通過斑馬魚原位雜交、反義嗎啉環寡聚核苷酸基因敲降技術、mRNA 過表達、CRISPR/ Cas9 技術，闡明候選基因在左右軸不對稱發育中的重要作用。
本研究發現 Htx 患者中的 19 種罕見 CNV，包括 5 個雜合性缺失，4 個基因區段的重復以及 10 個至少包含一個基因的重復區段。對 19 種罕見 CNV 進一步分析鑒定出 6 種與左右分化有關的新的潛在候選基因（NUMB，PACRG，TCTN2，DANH10，RNF115 和 TTC40）。罕見拷貝數變異是引起散發內臟異位發生的重要原因。對 19 種罕見 CNV 進一步分析鑒定出 6 種與左右分化有關的新的潛在候選基因（NUMB，PACRG，TCTN2，DANH10，RNF115 和 TTC40）。該研究不僅發現了新的罕見拷貝數變異，更重要的是發現 DNAH10、RNF115 這 2 個基因參與左右軸不對稱發育過程，拓寬了對內臟異位綜合征發病機制的認識。通過在斑馬魚中的進一步功能驗證，闡明 dnah10、rnf115、tctn2、pacrg 和 numb 這 5 個基因通過影響左右體軸分子標志物 pitx2/lefty2 的表達模式，進而調控心管的環化。該研究將為內臟異位綜合征的診斷與治療提供理論依據與靶點，進而有望為提高我國人口質量、降低新生兒先天畸形、提高兒童健康水平發揮積極的作用。
Liu C, Cao R, Xu Y, et al. Rare copy number variants analysis identifies novel candidate genes in heterotaxy syndrome patients with congenital heart defects[J]. Genome medicine, 2018, 10(1): 40.
