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    伯豪生物
    單細胞甲基化測序(scWGBS)

    技術簡介

    近年來,在腫瘤早篩和發育生物學研究領域,科學工作者對于 DNA 甲基化研究的關注度持續高漲。目前 DNA 甲基化的研究,大多數情況下依然是借助于亞硫酸氫鹽修飾,而該過程會引起 DNA 的大量損失。所以需要對該過程加以優化以滿足 DNA 甲基化超微量研究的需求。伯豪生物通過大量的實驗測試,優化了該過程, 現在已經具備為客戶提供單細胞甲基化研究服務的能力。 結合單細胞的 RNA 測序(Smart-seq),可以從多個維度深入了解生物體發育和分化過程中基因表達的動態變化。

    伯豪優勢

    DNA 起始量要求低:超微量檢測,僅需個位數的細胞量;

    生信分析:獲取信息量大、可精細化分析;

    數據質量:mapping ratio,冗余度等接近正常 WGBS 數據。

    實驗流程

    scWGBS 實驗流程圖

    樣本要求

    物種:人,大小鼠,其他物種需評估;

    類型:細胞系、原代細胞、新鮮組織、凍存細胞;

    數據量:PE 150bp, 15G;

    保存運輸:單細胞樣本 0.2ml 低吸附管收集,液氮保存,干冰寄送(或聯系當地銷售寄送保護液)。

    應用領域

    腫瘤異質性:揭示癌細胞的甲基化圖譜;

    細胞分化:繪制細胞分化調控表觀圖譜;

    免疫微環境:免疫細胞激化、分化等過程的表觀調控機制;

    神經科學:神經細胞亞型分類、探究神經相關疾病的分子機制。

    分析流程

    單細胞甲基化測序數據分析詳表

    所有基因不同功能區域的甲基化程度走勢分析

    ▲所有基因不同功能區域的甲基化程度走勢分析

    DNA 甲基化與 mRNA 表達的聯合分析

    ▲DNA 甲基化與 mRNA 表達的聯合分析

    圈圖展示差異甲基化位點在不同染色體上的分布

    ▲圈圖展示差異甲基化位點在不同染色體上的分布

    案例展示

    題目:人原始生殖細胞的轉錄組和 DNA 甲基化譜

    發表雜志:Cell

    影響因子:31.398

    發表單位:北京大學第三醫院

    文章摘要:生殖細胞對于將遺傳信息從一代傳遞到下一代以及維持物種的延續至關重要。在這里,作者在單細胞和單堿基分辨率下分析了人類原始生殖細胞(PGCs)從遷移階段到性腺階段的轉錄組。人 PGC 顯示獨特的轉錄模式,涉及多能性基因和種系特異性基因的同時表達,其中一部分顯示發育階段特異性特征。此外,還同時分析了人類 PGCs 的 DNA 甲基化組,并發現其基因組的整體去甲基化。妊娠后大約 10 至 11 周,PGC 幾乎沒有任何 DNA 甲基化發生,男性和女性 PGC 中平均甲基化水平僅分別為 7.8% 和 6.0%。該工作為破譯生殖系復雜的表觀遺傳重編程奠定了基礎,旨在揭示受精卵母細胞的全能性。

     單細胞甲基化測序人類 PGCs

    ▲人類 PGCs 顯示出整體的低甲基化模式


    單細胞 PGC 甲基化測序程度表達

    ▲PGC 的甲基化程度有明顯的降低,同時 gene body 區的甲基化程度會輕微高于兩側的基因區間。

     不同功能區域在不同時期的甲基化程度變化很大

    ▲不同功能區域在不同時期的甲基化程度變化很大

    原文出處:Guo F, Yan L, Guo H, et al. The transcriptome and DNA methylome landscapes of human primordial germ cells[J]. Cell, 2015, 161(6): 1437-1452.

    -END-


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