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    伯豪生物
    宏基因組測序

    技術簡介

    宏基因組測序是對特定環境中的整個微生物群落的基因組信息進行檢測,進而研究生境中微生物的群落結構、物種分類、進化關系、基因功能及微生物與生境之間的相互作用關系的一項測序技術。宏基因組測序不依賴傳統的微生物分離純化技術,直接提取生境樣本中的總 DNA 進行測序,為鑒定低豐度的微生物群落和獲得更多新基因等提供了新的途徑。

    伯豪優勢

    先進的測序平臺:Illumina 高通量測序平臺,提供高質量測序數據。

    項目經驗豐富:可提供腸道、水體、土壤、組織液等多種樣本類型的宏基因組與環境、農林及醫療等多領域的分析服務。

    個性化的服務:經驗豐富的技術團隊可提供個性化的方案設計、檢測報告解讀、文章寫作建議等。

    個性化服務:針對 VIP 客戶的個性化分析需求,提供個性化的檢測服務。提供個性化的實驗指導和定制個性化分析服務。

    實驗流程

    伯豪生物宏基因組測序實驗流程圖

    分析流程

    伯豪生物宏基因組測序分析流程圖

    技術參數

    樣本要求

    環境及臨床樣本(干冰或冰袋運送)

    土壤≥ 10 g(污染土壤樣本要適當增加送樣量,20g);糞便≥ 2g;

    水體樣本:濾膜(濾膜直徑 3-4 cm);拭子樣本≥ 2 個;

    DNA(干冰或冰袋運送)

    DNA:濃度≥ 50 ng/μL;總量≥ 2 μg;DNA 要有明 顯主帶,無降解,OD260/280= 1.8-2.0

    數據量

    推薦 10G

    部分類似結果展示

    宏基因組測序相關服務案例分享圖一與圖二

    宏基因組測序相關服務案例分享圖三與圖四

    宏基因組測序相關服務案例分享圖五與圖六

    宏基因組測序相關服務案例分享圖七與圖八

    案例展示

    案例一 16S + 宏基因組測序揭示

    本研究通過對 80 個皮膚樣本進行 16S rDNA 及宏基因組測序,發現與正常皮膚相比,過敏性皮炎富含鏈球菌和孿生球菌,但是西宮皮生球菌的含量卻顯著減少。使用角質形成細胞和單核細胞衍生的樹突細胞的細菌攻擊實驗建立了與金黃色葡萄球菌和表皮葡萄球菌不同的 IL- 1 介導的,先天的和 Th1 介導的適應性免疫應答。細菌組成的差異可以通過真核生物群落的擾動和微生物基因功能轉變得到補充,這可能加劇干擾和堿性表型,促進致病原體生長和皮膚炎癥。這些發現揭示了皮膚微生物群落,皮膚表面微環境和免疫系統的相互交叉調節。

    16S 加宏基因組測序研究路線圖

    研究路線圖

    圖 lefse 分析與細菌致病性相關的代謝通路

    原文出處:Chng K R, Tay A S L, Li C, et al. Whole metagenome profiling reveals skin microbiome-dependent susceptibility to atopic dermatitis flare[J]. Nature microbiology, 2016, 1(9): 16106. IF= 14.174


    案例二 基于宏基因組的非酒精性脂肪肝晚期纖維化 marker 篩選

    非酒精性脂肪肝(NAFLD) 的晚期纖維化是肝死亡重要的預測因子。用腸道微生物來預測晚期纖維化的數據有限。在這項前瞻性研究中,研究人員通過對從糞便樣本中提取的 DNA 進行宏基因組測序來分析糞便中的樣本組成。通過機器學習的方法篩選關鍵的特征,其中包括 37 個物種、BMI、Shannon diversity 和 age?;谝陨咸卣鳂嫿膊☆A測模型。該模型具有較高的診斷精度(AUC 0.936),可以很好的用于診斷非酒精性脂肪肝的晚期纖維化。

    基于宏基因組測序的非酒精性脂肪肝相關微生物篩選

    圖一:基于宏基因組測序的非酒精性脂肪肝相關微生物篩選

    基于機器學習的關鍵物種篩選及模型構建

    圖二:基于機器學習的關鍵物種篩選及模型構建

    原文出處:Loomba R, Seguritan V, Li W, et al. Gut microbiome-based metagenomic signature for non-invasive detection of advanced fibrosis in human nonalcoholic fatty liver disease[J]. Cell metabolism, 2017, 25(5): 1054-1062. e5. IF=20.565

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