• <li id="mga46"></li>
  • <kbd id="mga46"><optgroup id="mga46"></optgroup></kbd>
  • <tbody id="mga46"></tbody>
  • <s id="mga46"><menu id="mga46"></menu></s>
    伯豪生物
    微生物基因組 de novo 測序

    技術簡介

    微生物基因組 de novo 測序是基于二代或三代高通量測序平臺和生物信息分析技術,對微生物的基因組進行檢測,進而獲得細菌基因組的編碼和變異等信息的一項測序技術。結合 PacBio 平臺長讀長與 Illumina 測序準確率高的特點,利用 PacBio 三代與 Illumina 二代測序數據,可以高 效進行微生物基因組的 de novo 組裝。該測序類型無需該物種的基因序列信息便可完成全基因組的拼接和組裝。在獲得全基因組序列圖譜,不但可以解析未知物種的進化歷史,更重要的是可為該物種的后續研究提供一個方便高 效的平臺,使基因挖掘、功能驗證等工作更加方便和快速,也為更深層次的組學研究提供了參考數據基礎。

    伯豪優勢

    1、先進的測序平臺:使用長度長的 PacBio 高通量測序平臺,平均 10K 左右,提供高質量測序數據;

    2、項目經驗豐富:擁有標準化實驗操作團隊,提供細菌、真菌等基因組分析服務;

    3、專業服務:經驗豐富的技術團隊可提供專 業方案設計、檢測報告解讀、文章寫作建議等;

    4、個性化服務:針對 VIP 客戶的個性化分析需求,提供專 業全面的檢測服務。提供專 業的實驗指導和定制高級分析。


    樣本要求


    1、DNA:純度:OD260/280= 1.8-2.0;

    2、Illumina 測序平臺:總量≥ 2 μg;樣本濃度:≥ 50 ng/μL;

    3、PacBio 測序平臺:總量 ≥ 10 μg;樣本濃度:≥ 50 ng/μL。


    實驗流程

    伯豪生物微生物基因組 de novo 測序實驗流程

    分析流程

    伯豪生物微生物基因組 de novo 測序分析流程

    結果展示

    伯豪生物微生物基因組 de novo 測序分析案例圖

    伯豪生物微生物基因組 de novo 測序分析案例圖 2

    伯豪生物微生物基因組 de novo 測序分析案例圖 3

    案例展示

    案例一

    一株能夠降解有機氯化合物的假單胞菌的比較基因組學研究

    Pseudomonas knackmussii B13 于 1974 年被發現可以降解氯代芳香烴。本研究通過二代測序技術對 P.knackmussii B13 進行了全基因組測序。根據基因組注釋結果發現,B13 有多種降解單芳碳氫化合物的代謝途徑,包含氯苯甲酸,氨基酚,鄰氨基苯加酸鹽和偏苯三酚,但是不包含聚芳化合物。通過比較基因組分析發現,B13 與 P.denitrificans 和 P.aeruginosa 的親緣關系比較近。B13 的基因組包含有至少 8 個基因島,而這 8 個基因島在其他的假單胞菌屬是沒有的。

    伯豪生物微生物基因組測序分析案例配圖

    原文出處:Miyazaki R, Bertelli C, Benaglio P, et al. Comparative genome analysis of Pseudomonas knackmussii B13, the first bacterium known to degrade chloroaromatic compounds. Environmental microbiology, 2015,17(1): 91-104. IF=6.201.


    常見問題

    1、在單菌基因組的組裝結果中,N50 和 N90 的意義?

    N50 和 N90 是基因組組裝中常用的組裝指標,其含義為,將序列按照長度從大到小排列,依次計算大于該序列長度的序列總長,找到序列總長度剛好大于基因組總長度的 50%(90%)位置,則該序列的長度定義為 N50(N90);該數值反映了基因組 50%(90%)以上的區域,都能被該數值以上長度的序列覆蓋,同時體現了組裝質量對于后續數據分析的質量貢獻。


    2、在有雜菌污染的情況下,組裝結果不好的原因?

    組裝軟件在組裝過程中,是將測序數據看作來自同一個基因組的前提下進行組裝的;如果有外源 DNA 污染,其中不同來源的 DNA 中會有不同程度的相似性序列和非相似性序列,這些復雜的關系會對組裝軟件產生干擾,而軟件為保證組裝的準確性,只能將可疑的部分切斷成不同的碎片序列,導致組裝結果只能獲得碎片化的序列,而失去了組裝本身想要達到的效果。

    -END-


    咨詢客服 - 伯豪生物





    <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链>