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    伯豪生物
    微生物 16S/18S/ITS 測序

    技術簡介

    16S rDNA 擴增子測序:16S rDNA 為原核生物中編碼核糖體小亞基 rRNA 的 DNA 序列,具有 9 個高變區域(V1-V9)和 10 個保守區域,其中保守區反映細菌種屬間親緣關系,高變區反映了物種間的特異性,選擇通用引物進行 PCR 擴增,進而通過新一代測序技術對 16S rDNA 的單個或多個高變區進行測序,來分析環境或者臨床樣本中古菌或細菌的群落結構多樣性。18S rDNA 擴增子測序:18S rDNA 真核生物中編碼核糖體小亞基 rRNA 的 DNA 序列,具有可變區(V1-V9,沒有 V6 區)和保守區。保守區反映生物物種間的親緣關系,高變區反映物種間的差異。選擇通用引物進行 PCR 擴增,進而通過新一代測序技術對 18S rDNA 的高變區(一般選擇 V4 區)進行測序,來分析環境或者臨床樣本中真核生物群落結構多樣性。ITS 擴增子測序:ITS 分為兩個區域:ITS1/ITS2,其中 ITS1 位于真核生物核糖體 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之間,ITS2 位于真核生物核糖體 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之間。通過新一代測序技術對 ITS1 或者 ITS2 進行測序,進一步做環境微生物中真菌多樣性分析。

    伯豪優勢

    1、先進的測序平臺:Illumina PE250/300 高通量測序平臺可供選擇,根據檢測目的提供不同的解決方案;

    2、項目經驗豐富:可提供腸道、水體、土壤、組織液等多種樣本類型的微生物多樣性與環境、農林及醫療等多領域的分析服務;

    3、專 業服務:經驗豐富的技術團隊可提供專 業的方案設計、檢測報告解讀、文章寫作建議等;

    4、個性化服務:針對 VIP 客戶的個性化分析需求,提供個性化的檢測服務。提供個性化的實驗指導和個性化定制分析服務。

    測序方案策略

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序方案策略

    樣本要求

    1、環境及臨床樣本(干冰或冰袋運送)

    2、土壤≥ 3 g(污染土壤樣本要適當增加送樣量);糞便≥ 2 g;

    3、水體樣本:濾膜(0.22 μm 濾膜)≥ 2 個;拭子樣本≥ 2 個;

    4、DNA/PCR 產物(干冰或冰袋運送);

    5、DNA:濃度≥ 20 ng/μL;總量≥ 400 ng;DNA 要有明顯主帶,無降解;OD260/280= 1.8-2.0

    6、PCR 產物:濃度≥ 20 ng/μL,總量≥ 400 ng,片段大小 <450 bp,條帶單一,無降解,無引物二聚體。

    實驗流程

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序實驗流程

    分析流程

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序數據分析

    結果展示

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序案例圖 1

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序案例圖 2

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序案例圖 3

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序案例圖 4

    案例展示

    案例一:乙酸鹽有利于好氧顆粒污泥對發酵液中磷的富集

    微生物的厭氧消化(Anaerobic digestion,AD) 是一種有效的,而且被廣泛運用在能源和資源恢復中的生物技術。厭氧消化產生的污水以及發酵產生的發酵液中含有許多的對環境有害的有機質物質,比如易揮發的脂肪酸和礦物質元素(氮和磷),由于這些有機質物質不能被很好的處理,進而對我們的環境造成了嚴重的污染。本研究通過使用兩個相同批次的反應器 Ra 和 Rp,分別使用乙酸和丙酸作為額外添加碳源,來培養好氧顆粒進而去除發酵液中的磷。同時,作者通過二代測序的方法對兩個反應器中的微生物多樣性進行檢測。結果顯示,Ra 反應器中的好氧顆粒具有較高的磷去除能力。微生物多樣性檢測結果發現,Ra 反應器中擬桿菌(34%) 和 beta 變形菌門的含量較多,推測擬桿菌(34%) 和 beta 變形菌門可能是造成高效去除磷能力的主要原因。

    原文出處:Cai W, Huang W, Li H, et al. Acetate favors more phosphorus accumulation into aerobic granular sludge than propionate during the treatment of synthetic fermentation liquor. Bioresource technology, 2016, 214: 596-603. IF= 4.494.

    伯豪生物微生物 16S/18S/ITS 測序案例一配圖

    案例二:腸芽囊原蟲可以增加人類腸道細菌微生物的多樣性

    本文通過二代測序平臺 Ion Torrent 對 48 個腸道定植有牙囊原蟲的病人的糞便樣本以及 48 個正常人的糞便樣本進行 16S rDNA 的 V3-V5 區進行測序,結果表明定植有牙囊原蟲的病人的腸道細菌多樣性比健康人的豐富,其中梭狀芽胞桿菌比較豐富,而腸桿菌相對要少。這個結果表明,腸道中定植有牙囊原蟲可以營造一個健康的腸道微生物多樣性,而不會造成腸道微生物多樣性的失衡。

    原文出處:Audebert C, Even G, Cian A, etal. Colonization with the enteric protozoa Blastocystis is associated withincreased diversity of human gut bacterial microbiota. Scientific reports,2016, 6. IF=5.578.

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