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    伯豪生物
    Illumina 甲基化芯片(850K)

    產品簡介

    Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 芯片(850K 芯片),為研究者提供了一個可靠且經濟高效的甲基化分析平臺。并為 FFPE 樣本的檢測改進了 protocol,以獲得更可靠和穩定的結果。廣泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他復雜疾病研究,是目前適合表觀基因組全關聯分析研究的全基因組 DNA 甲基化芯片。

    850K 芯片可檢測人全基因組約 853,307 個 CpG 位點的甲基化狀態,其中包含了原 450K 芯片 91% 的位點,并增加了 413,745 個位點。850K 芯片不但保持了對 CpG 島,基因啟動子區的全面覆蓋,還特別加強了增強子區(新增了 333,265 個探針覆蓋來自 ENCODE 及 FANTOM5 計劃的增強子)以及基因編碼區的探針覆蓋。

    Illumina 850K 甲基化芯片技術參數

    Illumina 850K 甲基化芯片技術參數

    產品特點

    芯片特點

    1、覆蓋全面:檢測 853,307 個 CpG 位點;全面覆蓋 CpG 島、啟動子、編碼區及增強子;

    2、無需“甲基化 DNA 免疫共沉淀”,亞硫酸氫鹽處理基因組 DNA 即可進行芯片實驗;Infinium 探針設計,直接識別甲基化位點;

    3、技術重復重現率 >98%;

    4、操作簡單,無須 PCR 擴增;模板量可低至 250ng;

    5、適用于 FFPE 樣品。

    技術特點

    1、流程簡單,無需進行繁瑣的免疫共沉淀;

    2、單堿基分辨率;

    3、通量高,可一次性檢測 8 個以上樣品;

    4、全基因組覆蓋,對于未知功能區域及增強子同樣覆蓋;

    5、只針對人類樣本;

    6、數據準確,與焦磷酸平臺吻合度高。

    伯豪優勢

    1、成熟的服務平臺:穩定而系統的芯片實驗全面解決方案,可為客戶提供總 DNA 抽提、樣品質檢、RNA 標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。

    2、多樣化的服務內容:提供芯片和測序兩種高通量檢測技術以及低通量檢測技術 RT-PCR。

    3、專業的實驗人員:從 DNA 抽提到芯片雜交均配有專業的實驗人員,豐富的芯片操作經驗,確保芯片實驗順利完成。

    4、專業的分析團隊:實戰經驗豐富的分析團隊,除能快速完成基礎分析外,還能根據客戶需求完成個性化分析,提供各類高大上的圖表。

    樣本要求

    樣品類型:組織、細胞、基因組 DNA

    樣品純度:OD 260/280 值應在 1.7~2.0 之間;RNA 應該去除干凈;不得有其它個體或其它物種的 DNA 污染。

    樣品濃度:濃度不低于 50ng/μl;

    樣品總量:每個樣品總量不少于 500ng。

    樣品溶劑:溶解在 TE 中。

    樣品運輸:DNA 低溫運輸(-20℃);在運輸過程中請用 parafilm 將管口密封好,以防出現污染。

    分析流程

    Illumina 甲基化芯片 850K 分析流程圖

    案例展示

    案例一:《Journal of Clinical Oncology》報道早期肝癌術后復發可預測甲基化位點標記

    研究背景

    在全世界分范圍內,每年因肝癌死亡的病例超過 50 萬人,是主要因癌死亡的病因之一。在過去的十年中,隨著影像學的進步以及健康體檢的普及,越來越多的肝癌病人在患病早期被發現。但由于肝臟捐贈者的短缺,外科肝臟切除術仍然是治療早期肝癌病人的主要方法。本研究建立了一種預測早期肝癌病人術后復發的模型。

    研究思路

    850K 甲基化芯片研究思路

    研究成果

    研究采用 450K 芯片檢測了 66 例病人樣本,過濾得到 2550 個差異位點。通過比較兩種算法得到的差異 CpG 位點,共篩選出 46 個 CpG 位點。研究者隨后在一組內部樣本和兩組外部樣本進行了檢測。為了建立臨床上可用于預測個體復發的模型,綜合考慮了協變量后,研究者用諾模圖建立了可以用來預測的模型,三個矯正點的檢測均得到理想結果。研究者建立了一種諾模圖,用來預測早期肝癌患者的術后復發風險。

    參考文獻

    Qiu J, Peng B, Tang Y, et al. CpG methylation signature predicts recurrence in early-stage hepatocellular carcinoma: results from a multicenter study[J]. J Clin Oncol, 2017, 35(7): 734-42.


    案例二:伯豪客戶《Nature Communications》甲基化研究揭示鼻咽癌治療新靶點

    研究背景 2

    在中國華南地區,鼻咽癌有較高的發病率。目前,鼻咽癌病人的治療方案主要取決于病人的 TNM 分期。但是,約 30% 的鼻咽癌病人雖然處于相同的 TNM 分期,采用相同的治療方案,其結果也不盡相同。表觀層面的改變對于腫瘤起始和發展,發揮著重要的作用。目前,在鼻咽癌轉移發生過程中表觀的改變并不清楚,也沒有預測模型高精度的篩選出高轉移風險的鼻咽癌病人。中山大學附屬腫瘤醫院的科學工作者,采用甲基化芯片在全基因組范圍內鑒定了鼻咽癌病人特異的轉錄因子 HOPX。該研究為鼻咽癌診斷提供了新的生物標記,為鼻咽癌的治療提供了新的靶點。

    研究思路 2

    伯豪客戶甲基化研究揭示鼻咽癌治療新靶點研究思路

    研究成果

    鼻咽癌病人中 HOPX 啟動子區高甲基化導致的其表達量降低,促進了鼻咽癌細胞的遷移和侵襲。這一生物學進程是由于 HOPX 在生物體內與 HDAC2 結合,能夠抑制 SRF 依賴的 SNAIL 的轉錄。HOPX 的甲基化程度與臨床鼻咽癌病人的生存率高度相關。這一研究結果為鼻咽癌病人的惡性診斷提供了重要依據,豐富了鼻咽癌的治療靶點。

    參考文獻

    Ren X , Yang X , Cheng B , et al. HOPX hypermethylation promotes metastasis via activating SNAIL transcription in nasopharyngeal carcinoma[J]. Nature Communications, 2017, 8:14053.


    案例三:伯豪客戶發現 IFI44L 基因甲基化水平可以作為紅斑狼瘡診斷標志物

    研究背景

    系統性紅斑狼瘡,俗稱“蝴蝶病”,是一種以過量產生多種自身抗體和多器官受累為特征的慢性炎癥性自身免疫性疾病?;颊邇润w存在多種自身抗體,抗體與抗原結合形成免疫復合物沉淀在靶組織中,引起一系列炎性介質釋放,從而造成器官組織的損傷。SLE 的一個重要特征是自身抗體的存在,如 anti- 核抗體(ANAs)、anti- 雙鏈 DNA(dsDNA) 抗體、anti-smith (Anti-Sm) 抗體等,這些抗體已被作為 SLE 患者的常規血清學標志物。然而,目前可用的 SLE 實驗室標記有明顯的局限性。由于該疾病的顯著異質性,以及驗證單個生物標志物所需要的復雜而嚴格的過程,目前能夠幫助診斷 SLE 的共識生物標志物數量非常有限。過去多想研究以表明在紅斑狼瘡患者中,SLE 呈現出全局的低甲基化,特別事咋 IFN(干擾素基因中也是顯著的低甲基化)。

    研究思路 3

    伯豪客戶紅斑狼瘡診斷標志物研究思路

    研究成果 3

    研究人員利用 DNA 甲基化芯片篩選出在系統性紅斑狼瘡患者外周血 DNA 中的差異甲基化位點,在中南大學湘雅二醫院完成了 337 名系統性紅斑狼瘡患者、353 名類風濕性關節炎患者以及 358 名正常人外周血 DNA 樣本檢測,篩選鑒定出 IF144L 基因甲基化水平可作為系統性紅斑狼瘡診斷的標志物,并進一步在 529 名系統性紅斑狼瘡患者、426 名類風濕性關節炎患者、199 名干燥綜合征患者以及 569 名正常人中炎癥了該標志物的特異性和敏感性。隨后,Amr H. Sawalha 教授在歐洲系統性紅斑狼瘡人群中進行了相關炎癥。

    該研究成果是基礎研究轉為臨床診療應用的一項重大科技突破,對于展開系統性紅斑狼瘡的精準治療、提高其臨床診療水平具有十分重要的意義,擁有巨大的臨床推廣應有前景,也標志著我國科學家已躋身自身免疫系統疾病研究領域的國際領先行列。

    參考文獻 3

    Zhao M , Zhou Y , Zhu B , et al. IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus[J]. Annals of the Rheumatic Diseases, 2016, 75(11):1998. 

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