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    伯豪生物
    全基因組甲基化測序(WGBS)

    技術簡介

    全基因組甲基化測序(WGBS,Whole-genome bisulfite sequencing)結合了亞硫酸氫鹽轉化方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上檢測全基因組 DNA 甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使 DNA 中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR 擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對 PCR 產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷 CpG/CHG/CHH 位點是否發生甲基化。

    技術原理

    技術原理

    應用領域

    適用有參考基因組物種的全基因組甲基化研究,是目前獲得 CpG 位點信息的技術,特別適用于農林中的小基因組的物種的甲基化圖譜挖掘,如擬南芥。

    伯豪優勢

    建庫質量高,失敗率極低,每年五萬例左右各種類型樣本文庫構建經驗。

    質控過程全程可溯,實時跟蹤,反饋及時,確保數據真實可靠。

    基礎分析豐富,展示形式可個性化定制。

    個性分析服務:專業的生物信息分析團隊,熟悉各種分析算法和軟件;根據客戶的需求,提供多種個性化的實現方案。

    樣本要求

    樣品純度:OD 260/280 值應在 1.8~2.0 之間;RNA 應去除干凈;(物種不限)

    樣品濃度:低濃度不低于 50ng/μl;

    樣品總量:每個樣品總量不少于 1μg;

    樣品溶劑:應溶解在 H20 或 TE (pH 8.0) 中;

    樣品運輸:DNA 低溫運輸(-20℃);在運輸過程中用 parafilm 將管口密封好,以防出現污染。

    分析流程

    全基因甲基化測序數據分析

    案例展示

    研究背景

    在哺乳動物胚胎的早期發育中,甲基化是表觀調節的重要內容。但是,在人類全基因組范圍內,胚胎的早期甲基化動態調節模式由于技術的困難和材料的缺乏并沒有深入研究分析。

    研究成果

    研究結果

    圖 1 在人類胚胎早期發育中 DNA 甲基化的動態變化


    本研究中,通過全基因組的亞硫酸氫鹽測序技術,系統的描繪了從受精卵到胚胎植入后甲基化的變化。研究發現,在 2 細胞時期全基因組發生了去甲基化波動。這與之前在小鼠中的研究結果相反。而且,來自父本染色體上的基因去甲基化顯著快于母本,到受精卵時期結束的時候父本的前核甲基化狀態已經低于母本的前核。在早期胚胎發育的過程中,啟動子區甲基化與基因表達的負相關性逐漸加強,在胚胎移植后到達峰值。此外,本研究還指出活躍的基因在胚胎移植前的整個過程都沒有被甲基化。早期胚胎往往保持更高的甲基化殘留,在轉座子進化上更活躍。這些研究對于研究人類早期胚胎的甲基化提供了新的視角。

    參考文獻

    Guo H, Zhu P, Yan L, et al. The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature.2014.

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