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    伯豪生物
    RNA 甲基化測序(MeRIP-seq)

    技術簡介

    m6A 是一種常見的 RNA 甲基化修飾方式,研究表明它在調控基因表達、剪接、RNA 編輯、RNA 穩定性、控制 mRNA 壽命和降解、介導環狀 RNA 翻譯等方面扮演重要角色。伯豪生物新開發微量 MeRIP-seq 技術,利用新的去 rRNA 技術,可以同時檢測 mRNA, lncRNA 及 circRNA 甲基化修飾圖譜,幫助研究人員對 RNA 轉錄后甲基化修飾圖譜進行研究,是表觀轉錄組研究的關鍵技術。值得關注的是微量 MeRIP-seq 技術通過技術優化,大幅降低 MeRIP 的樣本起始要求量,僅 1 -20μg 總 RNA 即可滿足實驗要求。

    技術原理

    QQ 截圖 20191206122659

    應用領域

    腫 瘤異質性: 揭示癌細胞的 RNA 甲基化圖譜;

    細胞分化: 繪制細胞分化調控表觀圖譜;

    免疫微環境: 免疫細胞激化、分化等過程的表觀調控機制;

    神經科學: 探究神經相關疾病的分子機制。

    伯豪優勢

    低 RNA 起始量的要求;

    樣本處理經驗豐富;

    ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

    學術界權威算法和流程;分析內容、靈活的定制分析。

    樣本要求

    物種信息:人、大鼠、小鼠

    樣本要求:組織質量為 10-20mg

    細胞數量為 5×106~107

    測序模式:illumina Hiseq PE150

    推薦數據量:≥6Gb/ 樣本

    分析流程

    數據分析結果 1

    數據分析結果 2

    案例展示

    案例:子宮內膜癌的 m6A 研究

    研究背景

    子宮內膜癌(英語:endometrial cancer),指的是源自子宮內膜的癌癥。其病因是由于細胞異常的生長,并且具備了能夠侵襲或擴散到身體其他部位的能力。目前的治療以手術移除子宮為主。通常會一并進行雙側輸卵管及卵巢切除術(Bilateral Salpingo-oophorectomy,BSO),移除雙側輸卵管和卵巢。對于較為嚴重的個案,放射治療、化療和賀爾蒙療法也需要列入考慮。早期發現并接受治療的子宮內膜癌,未來預后會較好。在美國,病患的五年存活率超過八成。

    為了研究 m 6 A mRNA 甲基化在細胞增殖和腫 瘤發生中的作用,作者研究了在甲基轉移酶復合物(METTL14)存在 R298P 熱點突變的子宮內膜癌。作者發現約 70% 的子宮內膜腫 瘤患者表現出 m 6 A 甲基化的減少,推測這可能是由于 METTL14 突變(m6A 的 writer)或 METTL3(m6A 的 writer)的表達降低所致。上述變化通過激活 AKT 途徑導致子宮內膜癌細胞的增殖和腫 瘤發生機率增加。減少 m 6 A 甲基化導致降低 AKT 通路中的起負調控作用 PHLPP2 的表達和 AKT 通路正調節因子 mTORC2 的表達??傊?,這些結果揭示了 m 6 A mRNA 甲基化減少是子宮內膜癌中的致癌機制,并確定了 m 6 A 甲基化可作為 AKT 信號傳導的調節劑。

    研究思路

    研究思路 1

    研究成果

    研究結果 1

    圖 1 AKT 通路相關基因中腫 瘤組織相對正常組織 m6A 低甲基化

    研究結果 2

    圖 2 m6A 低甲基化介導 AKT 通路促進癌癥發生的機制:m6A 甲基化通常通過促進 m6A 依賴的 PHLPP2 翻譯和 m6A 依賴的 mTORC2 亞基轉錄本降解來減弱 AKT 通路活性。

    PHLPP2 磷酸酶的上調和 mTORC2 激酶的下調均通過維持 AKT 的去磷酸化而抑制 AKT 活性。m6A 甲基化的減少破壞了這些轉錄本的調控,導致 PHLPP2 表達降低,mTORC2 表達增加,AKT 活性增加。

    參考文獻

    Guo J, Grow E J, Yi C, et al. Chromatin and single-cell RNA-seq profiling reveal dynamic signaling and metabolic transitions during human spermatogonial stem cell development[J]. Cell Stem Cell, 2017, 21(4): 533-546. e6.

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