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    伯豪生物
    Shbio ceRNA 芯片

    產品簡介

    一箭三雕,一張芯片同時檢測 lncRNA、circRNA、mRNA。

    = 新版

    產品特點

    1、ceRNA 芯片設計了 173011 個探針,其中 mRNA 探針 34549 個,lncRNA 探針 32953 個,circRNA 探針 105509 個。mRNA 來源于 refseq(25830)和 ensembl(8719);lncRNA 分別來源于 Ensembl(28130)、lncipedia(4822)、genecode(1)3 個數據庫。circRNA 探針有 105509 條。

    2、LncRNA 主要包含 lincRNA,antisense lncRNA,bi-directional lncRNA 三大類,避免了 lncRNA 和 mRNA 的相互干擾,提高了 lncRNA 的檢測有效性和準確性。該版本芯片也剔除了上一版本中沒有明確注釋信息的 lncRNA。

    3、CircRNA 依然是該芯片主要的檢測對象,與 V2.0 版本相比,circRNA 的探針數目由 88750 增加到了 105509,除了涵蓋 2.0 版本的 ciccFRNA 外,還增加了與 miRNA 有多個結合位點的 circRNA,提升了 circRNA 作為 ceRNA 參與疾病調控的機制研究的效率。circRNA 特異性高:circRNA - 特異的反向剪接位點探針設計,保證每個探針檢測的特異性,避免與母基因之間的冗余影響。

    4、ceRNA 芯片 采用 Agilent eArray 平臺設計,使用 Agilent SurePrint 技術合成,探針長 60mer,檢出率高,技術重復性高于 99%,穩定性好;能夠比高通量測序技術更靈敏、穩定地對表達豐度較低的 circRNA、lncRNA 進行檢測分析。

    5、ceRNA 芯片 覆蓋 circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片數據同時提供三個層面的表達信息,circRNA 和 lncRNA 作為典型的內源競爭性 RNA(ceRNA 機制),此款芯片更適合 ceRNA 調控研究。

    7、除了常規的組織和細胞樣本以外,還適用于外泌體,血清,血漿等特殊樣本的檢測。

    技術原理

    更適合檢測微量樣本:特異性檢測血清、血漿、外泌體等微量特殊樣本中 lncRNA 和 circRNA,避免 rRNA 或外源性序列干擾。

    更全面的 circRNA 信息:涵蓋截至 2020 年 6 月全球主流數據庫中的 circRNA 序列 105509 條,并進行了細致注釋。

    更適合檢測 lncRNA:芯片比測序更適合檢測低表達豐度的 lncRNA 分子。

    更豐富的芯片實驗經驗:擁有超過十五年的芯片實驗經驗,輕松應對各種來源的樣本。

    更系統的實驗服務:篩選出候選 lncRNA 和 circRNA 后,配套豐富的 lncRNA 功能驗證實驗服務。

    儀器平臺

    Agilent 芯片平臺

    伯豪優勢

    成熟的服務平臺:穩定而系統的芯片實驗全面解決方案,可為客戶提供總 RNA 抽提、樣品質檢、RNA 標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析等一系列服務。

    專業的實驗人員:從 RNA 抽提到芯片雜交均配備有專業的實驗人員,具有豐富的芯片實驗操作經驗,遵循嚴格的質控標準,層層把關確保高質量完成實驗。

    強大的分析團隊:實戰經驗豐富的分析團隊,除能快速完成基礎分析外,還能根據客戶需求完成個性化分析,提供各類高大上的圖表。

    穩健的支持團隊:一對一服務,為您解決項目全過程中的各類問題,包括但不限于項目方案制定、樣本收集、數據結果解讀、數據深度挖掘及文章發表支持等。

    樣本要求

    ceRNA 芯片樣本要求

    分析流程

    ceRNA 芯片分析流程

    案例分析

    案例一

    研究背景

    膠質母細胞瘤(GBM) 是常見的原發性惡性腦腫瘤,多發生于中樞神經系統,是人類致命的癌癥之一。傳統的 GBM 治療方法術后易復發,預后差,平均存活期約為 15 個月,而個性化治療往往存在成功率低且副作用大的問題。因此,急需開發新的特別是那些針對復雜基因調控網絡的治療方法。

    研究思路

    ceRNA 芯片研究思路

    研究成果

    本研究利用 ceRNA 芯片(上海伯豪提供)篩選 GBM 中差異表達的非編碼 RNA,通過 TargetScan 預測和 pulldown 實驗,鎖定了研究目標 circRNA—circNT5E。體內外表型研究結果顯示 circNT5E 不僅對 GBM 細胞的增殖、凋亡、遷移及侵襲有影響,還能有效促進體內 GBM 腫瘤的形成。功能研究實驗結果顯示 circNT5E 通過與 miRNA-422a 的結合,解除 miRNA-422a 對其下游靶基因的抑制作用,激活 Akt、Smad2 等信號通路來影響 GBM 細胞的增殖、凋亡、遷移及侵襲。

    ceRNA 芯片研究結果

    參考文獻

    Wang R, Zhang S, Chen XY, Li N, Li JW, Jia RC, Pan YQ, Liang HQ. CircNT5E acts as a sponge of microRNA-422a topromote glioblastoma tumorigenesis. Cancer Res. 2018. 78(17):4812-4825.

    案例二

    研究背景

    肺癌是常見的癌癥,80-85% 的人類肺癌是非小細胞肺癌(NSCLC),其中肺鱗癌(LUSC)和肺腺癌(LUAD)是主要的亞型。目前用于特定基因突變的靶向藥物的開發極大地改善了晚期 LUAD 患者的治療效果,但這一方法對 LUSC 見效甚微。因此,進一步了解 LUSC 發展的分子機制對于開發更有效的治療方案至關重要。

    研究思路

    案例二 ceRNA 芯片研究思路

    研究成果

    研究人員利用 ceRNA 芯片(上海伯豪提供)對 LUSC 及其臨近正常組織進行了 circRNA 檢測,通過共表達分析及 qPCR 驗證,確定目標 circRNA-circTP63。體內外敲減及過表達實驗表明 circTP63 能夠促進腫瘤細胞增殖和腫瘤生長,且與細胞周期進展相關。共表達分析及 circTP63 敲減 / 過表達分析,確定 FOXM1 為 circTP63 靶基因。進一步生信分析及功能獲得 / 缺失實驗確定 circTP63 是通過 miR-873-3p 作用于 FOXM1 及下游基因 CENPA 和 CENPB,促進細胞周期的進展,進而促進 LUSC 細胞的增殖和腫瘤生長。

    案例二 ceRNA 芯片研究結果

    參考文獻

    Cheng Zhuoan, Yu Chengtao, Cui Shaohua et al. circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1.[J] .Nat Commun, 2019, 10:3200.

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