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    伯豪生物
    miRNA 芯片

    應用領域

    篩選差異表達 miRNA,差異 miRNA 靶基因預測。

    伯豪優勢

    1、 成熟的服務平臺:

    穩定而系統的芯片實驗全面解決方案,可為客戶提供總 RNA 抽提、樣品質檢、RNA 標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析等一系列服務。

    2、專業的實驗人員:

    從 RNA 抽提到芯片雜交均配備有專業的實驗人員,具有豐富的芯片實驗操作經驗,遵循嚴格的質控標準,層層把關確保高質量完成實驗。

    3、強大的分析團隊:

    實戰經驗豐富的分析團隊,除能快速完成基礎分析外,還能根據客戶需求完成個性化分析,提供各類高大上的圖表。

    4、穩健的支持團隊:

    一對一服務,為您解決項目全過程中的各類問題,包括但不限于項目方案制定、樣本收集、數據結果解讀、數據深度挖掘及文章發表支持等。

    伯豪生物是 Agilet 基因芯片、 Affymetrix 基因芯片官方認證服務商。

    產品特點

    Agilet 基因芯片

    1、通過特殊的探針設計區分成熟 miRNA 和 miRNA 前體的芯片平臺;

    2、無需分離 miRNA,直接用 Total RNA 進行實驗,只需 100ng 的 Total RNA 即可用來進行標記實驗(不包括質檢所消耗的量),避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響;

    3、樣品適用范圍廣:組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗;

    4、高特異性:探針設計能區別一個堿基的差異;

    5、高靈敏度:檢測豐度跨 4 個 log,高可達 6 個 log,只要存在 6000 個拷貝的分子就可以檢出;

    6、數據來源于 miRBase 21.0 版本,并方便及時更新;

    7、人、大鼠、小鼠之外的動物物種,可以方便的通過 earray 進行個性化定制。


    Affymetrix 芯片

    1、高覆蓋度 - 涵蓋 miRBase Release 20 中所有成熟的 miRNA 序列;

    2、新型的分析 - 采用同樣的芯片可以檢測人、小鼠、大鼠或其他物種的 miRNA(同時檢測 203 個物種的 miRNA);

    3、信息量大 - 芯片結果包括:host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA 等;

    4、樣本量低 - 僅需要 130ng 的 total RNA;

    5、高靈敏度:檢測豐度跨 4 個 log,可以檢測到 1.0 attomol 的 microRNA 含量。

    樣本要求

    樣品適用范圍:組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗。

    分析流程

    miRNA 芯片服務的分析流程

    案例展示

    案例一

    研究背景

    肝細胞癌(HCC)肺轉移是肝細胞癌中常見的遠端侵入類型,是 HCC 死亡的主要原因之一。該過程涉及腫瘤微環境中各種細胞(包括腫瘤細胞和基質細胞)之間的細胞間通訊。腫瘤相關的成纖維細胞(cancer-associated fibroblasts,CAFs)作為腫瘤基質中豐富的細胞類型,在促進腫瘤進展和轉移過程中起著關鍵作用。外泌體可以由多種類型細胞產生,通過遞送信息物質(如蛋白質、脂質和核酸)在細胞通訊間起中介作用。miRNAs 作為小的非編碼 RNA,通過抑制靶標 mRNA 的翻譯來行使功能。有研究表明,外泌體中具有高水平的 miRNA,且外泌體 miRNA 與多種腫瘤類型的免疫調節、化療耐藥和轉移相關。

    研究思路

    miRNA 芯片案例一研究思路

    研究成果

    王紅陽院士課題組研究人員發現在肺轉移微環境中,高轉移性肝細胞癌(HCC)細胞比低轉移性 HCC 細胞表現出更高的將正常成纖維細胞轉化為腫瘤相關成纖維細胞(CAF)的能力。高轉移性 HCC 細胞分泌的外泌體 miR-1247-3p 直接靶向 B4GALT3,導致成纖維細胞中 β1-integrin-NF-κB 信號通路的活化?;罨?CAF 通過分泌促炎癥細胞因子(包括 IL- 6 和 IL-8)進一步促進癌癥進展。臨床數據顯示血清中高外泌體 miR-1247-3p 表達水平與 HCC 患者的轉移相關。這些結果表明由腫瘤分泌的外泌體介導的腫瘤細胞和成纖維細胞之間的細胞間通訊,從而調控 HCC 的轉移,該研究為預防和治療腫瘤轉移提供潛在的靶點。

    miRNA 芯片案例一研究結果

    參考文獻

    Fan Song, Tian Tian, Chen Weixiong et al. Mitochondrial miRNA Determines Chemoresistance by Reprogramming Metabolism and Regulating Mitochondrial Transcription.[J] .Cancer Res., 2019, 79: 1069-1084.


    案例二

    研究背景 2

    從細胞核轉移至線粒體的 MicroRNA(miRNA)稱為線粒體 microRNA(mitomiR)。mitomiR 已被證明可調節線粒體基因組的翻譯活性,但它們在線粒體 DNA(mtDNA)轉錄中的作用仍有待確定。在本文研究人員報道 mitomiR-2392 通過下調氧化磷酸化(OXPHOS)和上調糖酵解來重新編程代謝,從而調節舌鱗癌(TSCC)細胞的化學耐藥性。

    研究思路 2

    miRNA 芯片案例二研究思路

    研究成果 2

    通過 miRNA 芯片實驗,TSCC 化療耐藥細胞株中篩選出線粒體特異高表達的 11 個候選 miRNA,其中,miR-2392 差異表達顯著。通過分析多種癌癥的 GEO 數據,發現 miR-2392 的表達均有顯著升高的趨勢。進一步研究發現不同于核基因,線粒體基因組存在較高頻率的變異,而生信分析表明,線粒體 H 鏈上存在與 miR-2392 結合的高度保守區域,miR-2392 對線粒體基因的表達調控作用,需要維持保守的 5’端結構。對 miR-2392 調控線粒體基因組表達的可能機制進行研究發現,在 AGO2 的協同作用下,mitomiR-2392 識別 H 鏈中的靶序列,部分抑制多順子 mtDNA 轉錄。此外,TSCC 患者的化療敏感性和總生存率與 miR-2392 參與的線粒體基因表達數據之間存在顯著相關性。

    miRNA 芯片案例二研究結果

    參考文獻 2

    Fang Tian, Lv Hongwei, Lv Guishuai et al. Tumor-derived exosomal miR-1247-3p induces cancer-associated fibroblast activation to foster lung metastasis of liver cancer.[J] .Nat Commun, 2018, 9:191.

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