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    伯豪生物
    真核轉錄組測序

    技術簡介

    對于真核生物來說,在具備參考基因組的情況下,基于 Illumina HiSeq 平臺的 mRNA 測序能夠快速獲得基因表達譜;基于測定的序列可以同時對 cSNP、可變剪接等轉錄本的序列及結構信息進行高精度地分析;另外對于檢測低豐度轉錄本和發現新轉錄本具有其獨特的優勢。

    伯豪優勢

    樣本處理:超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

    文庫構建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;

    質控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

    數據分析:學術界權威的算法和流程;針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的整合分析;靈活的定制分析。

    實驗流程

    實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文庫構建——測序——數據分析

    樣本要求

    樣本類型:total RNA

    樣本總量:≥2μg

    樣本濃度:≥50 ng/ul

    推薦數據量:≥6Gb/ 樣本

    分析流程

    真核轉錄組測序分析流程圖

    真核轉錄組測序分析流程劃分

    案例展示


    案例一

    研究成果

    曹雪濤研究團隊研究發現 RNA 解螺旋酶 DDX 家族成員 DDX46 可以與干擾素轉錄本結合,并阻止其出核,致使干擾素轉錄本不能進入細胞質進行翻譯,而在細胞核內大量累積,進而表現出 DD46 對天然免疫反應的負調控。DDX46 與干擾素的結合是通過與 RNA 去甲基化酶 ALKBH 作用實現的,DDX46 在抗病毒免疫反應中會招募大量的 ALKBH,ALKBH 能夠清除干擾素轉錄本上的甲基化修飾。DDX46 與 ALKBH 共同作用,完成了對Ⅰ型抗病毒反應中干擾素轉錄本的 m6A 去甲基化并將其捕獲于細胞核中,導致 IFN- β 表達顯著減少,機體的天然免疫反應受到抑制。該研究提出了一種新的天然免疫與炎癥調控機制,為病毒感染和炎癥性疾病的防治提供了新的潛在靶標與思路,上海伯豪生物助力完成了轉錄組可變剪接的分析部分。

    案例一研究成果

    ▲敲除 DDX46 增強抗病毒天然免疫反應

    參考文獻

    原文出處:Zheng Q,Hou J,Zhou Y,Li Z,Cao X. The RNA helicase DDX46 inhibits innate immunity  by entrapping m6A-demethylated adtiviraltranscripts in the nucleus. Nat Immunol.2017.



    案例二

    研究背景

    近年來我國的乳腺癌發病率持續上升,其中三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC) 是惡性程度較高的一種乳腺癌亞型。TNBC 是指雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR) 和人表皮生長因子受體 2(Her-2) 均為陰性。TNBC 侵襲力極強,遠處轉移風險大,預后極差。目前 TNBC 治療以化療為主,手段比較單一,極易復發和轉移。與其他類型乳腺癌相比,內分泌治療和分子靶向治療對三陰性乳腺癌均無效。因此三陰性乳腺癌的診斷手段和個性化治療選擇是研究人員關注的重要問題。

    研究成果

    上科院的研究人員通過 RNA-seq(由上海伯豪生物提供技術服務)對三陰性乳腺癌(TNBC) 進行轉錄組學分析。研究發現 IL6 的高度異常表達以及 JAK2/STAT3 的持續活化可能是 TNBC 發生遠端轉移的重要原因。研究還發現是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 發生 IL6/JAK2/STAT3 信號通路持續活化過程起特異性抑制作用。一系列功能實驗結果表明 Wwox 是通過與 JAK2 的結合來阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化,從而降低 STAT3 的活性,進而抑制乳腺癌細胞的增殖和轉移。進一步試驗表明 Wwox 可以抑制 STAT3 結合到 IL- 6 啟動子區域從而抑制 IL- 6 蛋白高表達。該研究證明了 Wwox 對腫瘤細胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持續活化具有較強的抑制作用,Wwox 有望成為 TNBC 個體化治療的新靶點。

    真核轉錄組測序分析流程案例二研究結果

    參考文獻

    Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.



    案例三

    研究背景

    玉米一般指玉蜀黍(學名:Zea may L.),是禾本科、玉蜀黍屬植物 。據國家統計局 2017 年公示數據,2017 年全國糧食總產量 12358 億斤,其中玉米達 4318 億斤,占據了糧食總產三分之一強??梢?,玉米在我國的糧食安全中具有舉足輕重的作用。玉米胚乳是主要的營養儲存組織,是發育高度分化的組織。但是目前胚乳發育和營養代謝的調控網絡仍然不是很清楚。

    研究成果

    宋任濤教授以玉米經典籽粒突變體 opaque11 為研究對象,通過圖位克隆,發現 O11 編碼了胚乳特異的 bHLH 轉錄因子。通過 RNA-Seq(上海伯豪提供)與 ChIP-Seq 分析,解析了 O11 的下游調控網絡。結果發現 O11 不僅直接調控胚乳發育和營養代謝的關鍵轉錄因子,還直接調控 cyPPDKs 和多種碳水化合物代謝酶。研究篩選和鑒定到多個與 O11 直接互作的蛋白,其中 ZmICE1 和 O11 協同調控冷脅迫應答相關的基因以及植物發育中重要信號開關 ZmYODA。此外研究還發現,O11 作為關鍵調控因子,協調了胚乳細胞發育、儲藏物代謝和逆境響應等生物學過程,是胚乳整體基因調控網絡的核心調控節點。

    真核轉錄組測序案例一研究結果展示

    參考文獻

    Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.




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