• <li id="mga46"></li>
  • <kbd id="mga46"><optgroup id="mga46"></optgroup></kbd>
  • <tbody id="mga46"></tbody>
  • <s id="mga46"><menu id="mga46"></menu></s>
    伯豪生物
    circRNA 測序

    技術簡介

    環狀 RNA(circular RNA,circRNA)是在轉錄過程中,通過可變剪接形成的一類首尾相接的環狀 RNA 分子。高等動物中 circRNA 的種類和含量遠遠超過預期。circRNA 測序能夠快檢測樣本中 circRNA 的種類并進行表達定量,結合生物信息學挖掘手段,研究 circRNA 的功能和調控機制。

    儀器平臺

    Illumina Hiseq X Ten

    應用領域

    circRNA 可以作為“microRNA 海綿”,即競爭性內源 RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),結合胞內 miRNA,阻斷 miRNA 對其靶基因的抑制作用。circRNA 也可與蛋白形成復合體調節下游的靶基因。另外,circRNA 的表達呈現出很強的組織特異性,也暗示 circRNA 具有重要的生物學功能。

    伯豪優勢

    樣本處理:豐富的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

    文庫構建:高效的 rRNA 去除和線性 RNA 消化;

    質控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

    數據分析:針對 circRNA 剪接位點定量和差異分析的權威算法;全面的分析內容;靈活   的定制分析;

    項目成果:協助客戶在 Genome Biology,EMBO Research 等頂刊上發表文章。

    樣本要求

    樣本類型:total RNA

    樣本總量:>=5 μg

    樣本濃度:>=50 ng/ul

    推薦數據量:>=12 Gb/ 樣本

    分析流程

    circRNA 測序分析流程圖

    circRNA 測序基礎分析與高級分析

    案例展示

    案例一

    FLI1 是 ETS 轉錄因子蛋白家族成員,是血液惡性腫瘤的驅動基因,能夠促進多種實體瘤的生長。CircRNAs, 作為一類新的非編碼 RNA,主要由外顯子或內含子背面剪接或套索內含子產生。研究人員利用由 Crispr/dCas9 介導的免疫共沉淀方法(CasIP),對 FLI1 啟動子染色質復合物進行了研究,通過高通量測序,研究人員確定了 FLI1 外顯子環狀 RNA FECR1 的存在,進一步的研究表明 FECR1 是由 FLI1 外顯子 4 和外顯子 2 之間反向剪接形成的。值得注意的是,FECR1 與 FLI1 啟動子順式結合并募集 DNA 去甲基化酶 TET1 復合物。在乳腺癌中,FECR1 作為正反饋調節劑起作用,通過協調 DNA 甲基化來激活 FLI1,促進癌細胞發生轉移。

    參考文獻

    Naifei Chen, Gang Zhao, Xu Yan, et al. A novel FLI1 exonic circular RNA promotes metastasis in breast cancer by coordinately regulating TET1 and DNMT1. Genome Bio. (2018) 19:218

    circRNA 測序應用案例一配圖


    案例二

    CircRNA 是一類具有閉合環形結構的非編碼 RNA,是現階段轉錄組學研究的新星。本研究從 circRNA 的角度出發,深入闡述了一個 circRNA 在膀胱癌中的作用機制。研究人員對 3 對配對癌組織和正常膀胱組織進行了 circRNA 特異性的高通量測序,進一步的分析和大樣本鑒定表明,circHIPK3 在 79.5% 的膀胱癌組織中特異性降低,并與淋巴結轉移相關。通過 miRanda,PITA 和 RNAhybrid 預測,發現有 12 個 miRNA 能與之結合。Pull down 實驗表明,miR-558 能在 T24T 和 UMUC3 中與 circHIPK3 結合。CrcHIPK3 則通過吸附 miR-558,調控 HPSE 的轉錄來影響細胞的遷移,侵襲和血管生成。

    參考文獻 2

    Yawei Li, Fuxin Zheng, Xingyuan Xiao, et al. The RNA binding protein quaking regulates formation of circRNAs. EMBO Rep. 2017 Sep;18(9):1646-1659.

    circRNA 測序應用案例二配圖

    實驗流程

    實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——線性 RNA 消化——文庫構建——測序——數據分析


    -END-


    咨詢客服 - 伯豪生物





    <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链>