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    伯豪生物
    轉錄組 De novo 測序

    技術簡介

    在所研究的物種不具備參考基因組時,通過 de novo 分析策略,轉錄組測序可以幫助研究人員快速獲取該物種的 mRNA 序列,并預測可能的非編碼 RNA。此外,在分析基因表達水平的同時,還可以獲得 cSNP,從而提供全面的轉錄組信息。

    伯豪優勢

    樣本處理:超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

    文庫構建:低至 200ng 起始的建庫能力,另有單細胞(微量)測序解決方案;

    質控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

    數據分析:開源算法與商業化軟件保證拼接效果;全面的數據庫注釋;靈活的定制分析。

    實驗流程

    實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文庫構建——測序——數據分析

    樣本要求

    樣本類型:total RNA

    樣本總量:≥2 μg

    樣本濃度:≥50 ng/ul

    推薦數據量:≥6 Gb/ 樣本

    分析流程

    轉錄組 Denovo 測序分析流程

    轉錄組 Denovo 分析分類

    案例展示

    案例一

    上海伯豪攜手廣東農業科學院對兜蘭(Paphiopedilum)單獨開花行為與簡單重復序列標記的開發利用進行了深入的研究。兜蘭是一種可以單獨開花的長青類多年生植物,但是人們對其有關開花行為的基因組信息卻知之甚少。通過 de novo 轉錄組測序服務對同色兜蘭(Paphiopedilum concolor)、帶葉兜蘭(Paphiopedilum hirsutissimum)以及兩個栽培品種進行了測序。通過測序,研究人員發現了一些與單獨開花行為有關的轉錄因子。同時還找到了 20969 個可用于分子標記的 EST-SSR 以及 15137 個引物 SSR。該工作為人們對兜蘭開花與花的發育的分子機制有了一定的了解。

    參考文獻

    Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.

    轉錄組 Denovo 測序案例一配圖

    圖:主要調控機制示意圖


    案例二

    上海伯豪攜手安徽農業大學植保學院,使用 Illumina 測序平臺對黃粉甲(Tenebrio molitor,一種鞘翅目昆蟲)進行轉錄組測序,de novo 拼接獲得了 35,363 條 unigenes,其中 18,820 條 unigenes 與 NR 蛋白質數據庫中已注釋的蛋白能夠較好地匹配,GO 和 COG 被用于分析基因的潛在功能。終在黃粉甲觸角轉錄組中鑒定出了 19 個 OBP 基因,12 個 CSP 基因,20 個 OR 基因,6 個 IR 基因,2 個 SNMP 基因。本研究是對黃粉甲觸角進行轉錄組學研究,為深入研究鞘翅目嗅覺基因的功能奠定了堅實的基礎。

    參考文獻 2

    Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.

    轉錄組 Denovo 測序案例二配圖

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