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    伯豪生物
    small RNA 測序

    技術簡介

    small RNA 是指長度在 18~30nt 的內源性 RNA,包括 miRNA,siRNA 和 piRNA 等。它們在 mRNA 的轉錄及轉錄后水平的調控中發揮重要作用,參與細胞生長、分化、代謝等各個生物學過程,對生物體的正常發育和疾病過程起著關鍵作用。Small RNA 測序是指基于高通量測序平臺對目標樣本的 small RNA 進行大規模檢測,同時發現新的小 RNA,結合生物信息學挖掘手段,研究 small RNA 的功能、結構和調控機制。

    伯豪優勢

    樣本處理:超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

    文庫構建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;

    質控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

    數據分析:學術界權威的算法;針對 miRNA、siRNA、piRNA 和 tRFs 的特定分析流程;全面的分析內容;靈活的定制分析;

    項目成果:協助客戶在 miRNA、piRNA、tRFs 領域發表多篇論文。

    實驗流程

    實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——文庫構建——測序——數據分析

    樣本要求

    樣本類型:含有 samll RNA 的 total RNA

    樣本總量:≥2μg

    樣本濃度:50ng/ul

    推薦數據量:20M reads/ 樣本

    分析流程

    smallRNA 測序數據分析

    smallRNA 測序數據分析分類

    案例展示

    案例一

    外泌體攜帶蛋白質、mRNA 和 miRNA,參與細胞廢物管理和細胞間通訊。在細胞和動物模型中,mTORC1 的持續激活會抑制外泌體的釋放,導致細胞內 CD63 陽性外泌體前體的積累。雷帕霉素或營養和生長因子的缺乏會抑制 mTORC1 并促進外泌體釋放,同時引起細胞自噬。對雷帕霉素處理的細胞所釋放外泌體中成分含量的分析發現,抑制 mTORC1 并不會顯著改變其大多數蛋白和 miRNA 的組成。這一研究揭示了外泌體分泌受營養調節的機制,提示 mTORC1 可能通過同時抑制自噬與外泌體釋放,導致細胞內廢物累積,從而促進衰老。

    參考文獻

    Zou W, Lai M, Zhang Y. et al. Exosome Release Is Regulated by mTORC1. Adv Sci. 2018 Dec 11;6(3):1801313.

    smallRNA 測序案例一配圖

    圖:mTORC1 處理后外泌體 miRNA 及蛋白質組成



    案例二

    研究背景

    生殖系細胞中存在一類特異地與 PIWI 家族蛋白質相互作用的小分子 RNA,即 PIWI-interacting RNA,簡稱 piRNA,能夠引導蛋白質沉默散落于基因組中的轉座子,從而束縛轉座子,維持基因組的穩定性和完整性。piRNA 的 5′末端具有很強的 U 堿基偏好性,其 3' 末端被 2′-O-Me 修飾,以保護其免受核酸外切酶降解。Pnldc1 突變小鼠表現出了減數分裂和精子發生時期障礙,這種功能缺陷與 LINE1 活性相關。文章證實了 PNLDC1 對于 piRNA 前體 3‘修剪具有必要的作用,使得 30-40 nt piRNAs 前體能夠轉化為成熟的 piRNA,而 Pnldc1 突變小鼠仍然能夠正常進行 5‘piRNA 修剪。Pnldc1 突變小鼠中由于 3’不能正常發生修剪而形成的變長的 piRNA,雖然能夠與 MILI 蛋白結合,卻不能發揮正常的生理功能,致使 L1 轉座子不能正常沉默而導致雄性不育。

    參考文獻

    Cui Yq, G Xj, Shen B. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice. Cell Res.10.1038/cr.2017.125.

    smallRNA 測序案例二配圖

    圖 piRNA 在 Pnldc1 突變小鼠中 24-30nt 的前粗線期 piRNA 總量減少了 72.51%

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