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    伯豪生物
    伯豪生物 | 單細胞組學研究整體解決方案
    發布時間:2019-12-11 瀏覽次數:324178
    單細胞組學研究是指通過測序等技術手段對單個細胞不同的組學層面等進行高通量分析,獲得單細胞分辨率的數據信息,進行細胞分類和身份鑒定、新細胞類型發現、時序分析等研究,解決以往用多細胞樣本研究無法解決的異質性難題,為深入解析細胞群體中的單個細胞行為、機制及其與機體的關系提供了新的方法和角度,在基礎研究和精準醫學中扮演著越來越重要的角色。

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    序號 提供服務 技術平臺 應用方向 樣本運輸時效
    10X Genomics
    BD Rhapsody
    低通量的  SMART-seq
    ★腫瘤異質  
    ★腫瘤免疫微環境  
    ★胚胎發育  
    ★細胞分化
    伯豪生物獨研
    單細胞樣本保存液
    無懼異地時效影響
    10X Genomics ★腫瘤異質性  
    ★免疫微環境
    ★神經科學
    ★胚胎發育
    ★細胞分化等領域的研究
    伯豪生物獨研
    單細胞樣本保存液
    無懼異地時效影響
    10X Genomics 10X genomics  提供了全面的單細胞免疫分析方案;
    通過   精簡的工作流程,可以實現從樣品到文庫準備、
    免疫測序和軟件分析全套解決方案,揭示 T 和 B 細胞
    多樣性、V(D)J 重組和免疫細胞分析。
    伯豪生物獨研
    單細胞樣本保存液
    無懼異地時效影響
    10X Genomics Visium ★空間位置信息,或者細胞在組織中天然的狀態。
    ★腫瘤學;
    ★免疫學;
    ★發育生物學;
    ★神經科學;
    ★病理學等方向。
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    單細胞樣本保存液
    無懼異地時效影響
    10X Genomics
    ★冰凍組織。
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    伯優?
    細胞核分離試劑盒



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    一、單細胞 RNA 測序    

    單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA-sequencing)是指在單細胞水平上對 RNA 進行高通量測序和分析的新技術。不同于常規 Bulk Sequencing(組織或細胞群測序)得到的結果只是大量細胞的平均表達水平,單細胞測序能夠深入挖掘細胞特異性的信息。目前,單細胞測序已廣泛應用于腫瘤異質性、免疫微環境、神經科學、胚胎發育、細胞分化等領域的研究。

    伯豪特色

    6 年的單細胞服務經驗,協助客戶在 Cell Research、Nature Neuroscience 等雜志上發表文章。

    擁有三大單細胞測序服務平臺,包括低通量的 SMART-seq,以及高通量的 10X genomics 和 BD Rhapsody 的單細胞 RNA 測序服務平臺。

    自主研發的單細胞組織保護液,保證了新鮮組織樣本的低溫存儲和運輸。

    累計成功完成 30 余種組織類型的單細胞懸液制備(包括人外周血液細胞,臨床組織及大小鼠組織或器官)。針對單細胞懸液制備過程中遇到的主要問題,如死細胞比例高、活性達不到上機要求;細胞形態異常;細胞消化不完全、聚集成團、碎片偏多、紅細胞比例偏高等,公司單細胞測序團隊通過已經積累的經驗,為客戶提供合理化的建議,提高單細胞測序的成功率。

    完善的數據處理方法,及個性化的分析方法。

    技術參數   

    SMART-seq

    建庫起始量:1~100 cells;

    測序模式:Illumina HiSeq PE150;

    推薦數據量:>=6 Gb/ 樣本。

    10X genomics & BD Rhapsody

    總量 > 10  目標細胞個數(至少 10,000 個細胞);

    濃度 500-1,000 個 /uL;

    細胞間無粘連(成團率 <5%);

    無大于 40um 的細胞碎片或其他顆粒物;

    細胞成活率應大于 80%(臺盼藍染色檢測);

    不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。

    服務流程

    數據分析

    包括數據預處理,基礎分析,高級分析和個性化分析,部分分析結果展示如下:

    案例解析   案例展示   案例一(神經生物學,使用技術 SMART-seq)

    伯豪生物助力中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所張旭院士研究組,通過高覆蓋度的單細胞測序和以神經元大小為參考的層次聚類,對小鼠背根神經節初級感覺神經元進行了分類,又通過全細胞膜片鉗在體記錄結合單細胞 PCR 方法可檢測各類初級感覺神經元對外周皮膚刺激的反應。該工作通過高覆蓋的單細胞測序對初級感覺神經元進行了重新分類,并且建立了基因表達與在體內功能的相互關系。該成果已經發表在了 2015 年 12 月的國際知名期刊 Cell Reasarch(影響因子 11.981)上。該研究中單細胞測序及數據分析服務由上海伯豪生物技術有限公司提供。

    原文出處:Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res. 2015, 26(1):83-102.

    案例二(疾病不同進程的細胞組成差異,10X genomics)

    腸型胃癌以癌前病變為主,包括慢性萎縮性胃炎和腸上皮化生。在這項研究中,作者構建了一個單細胞圖譜,包含了 32,332 個來自胃竇粘膜活檢的高質量細胞。然后,作者構建了一個基于細胞和分子特征的單細胞網絡。研究發現在上皮化生過程中,腺體黏液細胞趨向于獲得腸樣干細胞表型,作者將 OR51E1 作為早期惡性病變中獨特內分泌細胞的標記。作者還發現,HES6 可能標記杯前細胞簇,可能有助于早期化生的鑒定。作者確定了一組 EGC 特異性標記,對 EGC 的準確診斷具有臨床意義。作者的研究提供了無與倫比的見解,以了解人類胃細胞組在癌前和早期惡性病變。

    原文出處:Zhang P, Yang M, Zhang Y, et al. Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer. Cell reports, 2019, 27(6): 1934-1947. e5.

    應用方向

    腫瘤異質

    Kim C, Gao R, Sei E, et al. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative  Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 2018, 173(4):879-893.

    腫瘤免疫微環境

    Zheng C, Zheng L, Yoo JK, et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell 2017, 169(7):1342-1356. 神經科學。

    Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res 2015, 26(1):83-102.

    胚胎發育

    Li L, Dong J, Yan L, et al. Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions. Cell Stem Cell 2017, 20(6):858-873

    細胞分化

    Bach K, Pensa S, Grzelak M, et al. Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing. Nat Commun 2017, 8(1):2128.


    用于分割


    二、單細胞 ATAC 測序  

    染色質開放程度,反映了染色質的轉錄活性狀態,是研究基因表達調控的重要方向,在表觀遺傳圖譜繪制、細胞分化和發育及各類疾病的發生發展研究中具有重要的作用。

    單細胞 ATAC-seq(Aaasay for transposase Accessible Chromatin with high throughput sequencing at the single cell level)是指在單細胞水平上檢測開放染色質的方法。其原理為基于 Tn5 轉座酶對片段化 DNA 和整合入活化的調控區域的高敏感性。目前,單細胞 ATAC-seq 技術可應用于腫瘤異質性、免疫微環境、神經科學、胚胎發育、細胞分化等領域的研究。

    單細胞 ATAC-seq 檢測平臺

    單細胞 ATAC-seq 流程

    樣本要求

    類型:細胞系,原代細胞,凍存細胞,新鮮組織等

    來源:血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等

    樣本量:細胞 >1x105  細胞 / 樣本

    細胞活率:大于 80%,越高越好

    數據量:25M reads pair/sample

    數據分析

    包括數據預處理,基礎分析和高級分析,部分分析結果展示如下:

    案例解析   題目:人類免疫細胞發展以及瘤內 T 細胞衰竭大規模平行單細胞染色質景觀分析

    要理解復雜的組織,就需要對基因調控的單細胞結構進行高精度和大規模的解構。在這里,研究人員使用單細胞 ATAC 測序(single cell ATAC-seq) 來評估一個大規模并行的基于液滴的方法在單細胞中映射轉座酶可達染色質的性能。作者應用 single cell ATAC-seq 獲得了 20 多萬個人類血液和基底細胞癌單細胞的染色質譜。在血液中,single cell ATAC-seq 的應用使細胞類型特異性順式和反式調控元件的無標記識別、疾病相關增強子活性的映射和細胞分化軌跡的重建成為可能。在基底細胞癌中,single cell ATAC-seq 的應用揭示了腫瘤微環境中惡性細胞、基質細胞和免疫細胞的調控網絡。對程序性細胞死亡前后的一系列腫瘤活檢的 single cell ATAC-seq 譜進行分析,發現治療反應性 T 細胞亞群的染色質調節因子,并揭示了控制腫瘤內 CD8+ T 細胞衰竭和 CD4+ T 濾泡輔助細胞發育的共同調控程序。作者預期 single cell ATAC-seq 將使基因調控因子在不同生物系統間的無偏好發現成為可能。

    原文出處:Satpathy A T, Granja J M, Yost K E, et al. Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion[J]. BioRxiv, 2019: 610550.


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    三、單細胞 TCR/BCR 測序  

    免疫組庫(Immune Repertoire,IR)是指機體內 T 淋巴細胞和 B 淋巴細胞多樣性的總和,反映機體免疫系統在特定時間段內應對外界刺激應答的能力?;?10X Genomics 的單細胞系統,可實現高通量的單細胞轉錄組和 V(D)J 測序。不但可以將 TCR/BCR 雙鏈匹配,而且能夠同時獲得基因表達信息。

    技術原理

    10X Genomic 單細胞免疫組庫測序與單細胞 RNA 測序一樣,通過微流控系統將帶有條形碼和引物的凝膠珠與單個細胞包裹在油滴中;接下來在每個油滴內,凝膠珠溶解,細胞裂解釋放 mRNA,通過逆轉錄產生帶有 10X barcode 和 UMI 信息的 cDNA。破油(Breaking Emulsions)之后,cDNA 一分為二,后續同時進行基因表達和免疫組庫的文庫構建。其中 TCR 或者 BCR 的 V(D)J 序列通過設計在 C 區的巢式引物進行 PCR 富集;而 mRNA 的信息,與 10X Genomics 3’mRNA 文庫不同,保留的是 5’端的信息。測序后即可一次性獲得大量單細胞的基因表達和免疫組庫數據。

     

    圖 5’mRNA 與 TCR/BCR 同時建庫

     

    技術優勢

    ●通量高

    一張芯片具有 8 個獨立的通道,可供 8 個樣本同時上機,每個通道可捕獲 10000 個細胞。

    ● 分辨率高

    可獲得真正單細胞水平的的免疫組庫信息,并且可匹配 TCR/BCR 的雙鏈。

    ●信息全面

    可同時獲得單個細胞匹配的 mRNA 和 TCR/BCR 信息。

     

    文庫結構

    ● 5’gene expression 文庫:

    圖 10X Genomics 5’gene expression 文庫示意圖

     

    ●V(D)J 文庫:

    圖 10X Genomics V(D)J 文庫示意圖

     

    建議測序深度及參數

    指標

    參數

    測序深度 -5’mRNA

    50,000~100,000 reads/cell

    測序深度 -TCR/BCR

    5,000~10,000 reads/cell

    測序類型

    PE150

     

    樣本要求

    ●  類型:

    新鮮組織,原代細胞,細胞系等。

    ●  來源:

    血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等。

    ●  樣本量及其它質控要求:

    樣本類型    要求
    細胞懸液  > 10* 目標細胞個數(至少 10,000 個細胞);
      活率 >80%;
    濃度 500-1,000 個細胞 /ul;
    細胞間無粘連(成團率 <5%);
    無大于 40um 的細胞碎片或其他顆粒物;
    不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。
    血液 EDTA 抗凝的全血(不可肝素抗凝),>5ml。
    組織 0.3cm × 0.3cm(不超過 0.5 × 0.5cm)的新鮮組織,4~5 塊。


    ●樣本的保存與運輸  
    樣本類型    要求
    細胞懸液   建議現場制備,如要運輸,建議使用伯豪生物自主研發的單細胞保護液,4°C 運輸,48 小時內送達伯豪生物實驗室。
    血液 EDTA 抗凝的全血,4°C 運輸,2 小時內送達伯豪生物實驗室;或提取 PBMC 后凍存,干冰運輸。
    組織 建議使用伯豪生物自主研發的單細胞組織保護液,4°C 運輸,48 小時內送達伯豪生物實驗室。

    應用方向

    ★腫瘤微環境

    ★  自身免疫性疾病

    ★  感染性疾病

    ★  器官、骨髓移植

    ★  抗體開發

     

    應用案例

    1、肝癌免疫微環境

    2017 年,北京大學張澤民教授課題組通過大規模單細胞測序技術對肝癌相關 T 淋巴細胞進行了分析,在單細胞水平上描繪肝癌微環境中免疫圖譜。研究者收集了 6 例肝癌患者的外周血,癌旁正常組織、肝癌組織作為實驗樣本,然后從各類樣本中用流式分選出 CD3+CD8+(cytotoxic T cells,Tc)細胞,以及 CD4+CD25-(Helper T cells,Th)細胞和 CD4+CD25+(regulatory T cells,Tregs)細胞,并進行了單細胞轉錄組測序和單細胞 TCR 測序,總共獲得 5063 個單細胞的數據。其中,單細胞水平分析 TCR 序列發現,在腫瘤侵潤的 exhausted T 細胞和 Tregs 細胞中,觀察到 TCRs 發生了重復使用。在腫瘤組織中含有相同 TCR 的 T 細胞比例較高,而在外周血和正常組織中比例較低,這說明在腫瘤中的 exhausted T 細胞和 Tregs 細胞發生了克隆擴增。并且相比于早期病人,晚期病人中 T 細胞的克隆擴增更加明顯。

    圖 肝癌中 T 細胞的克隆擴增

     

    2、黑色素瘤免疫微環境

    2019 年發表在 Cell 上發表的一篇論文,對 25 個黑色素瘤患者腫瘤中總共 46,621 個免疫細胞進行了單細胞 RNA 和 TCR 測序。這些細胞被分成 7 個大群,包括 T 細胞(CD3),NK 細胞(KLRD1),樹突細胞(DCs;CD1C),巨噬細胞(C1Q),單核細胞(VCAN),B 細胞(CD19),和漿細胞(immunoglobulins)。初始 T 細胞高表達 IL7R, CCR7 和轉錄因子 TCF7,特異性表達的基因整體來說比其它類型的細胞少。而非初始 T 細胞具有很高的異質性,其中一小群是記憶 T 細胞,大部分細胞是過渡性 CD8 T 細胞(transitional CD8 effector T),細胞毒性 CD8 T 細胞(cytotoxic CD8 effector T)和喪失功能的 CD8 T 細胞(dysfunctional CD8 T cells),高表達 PD- 1 和 LAG3。這些細胞類群的邊界是模糊的,提示轉錄的梯度表達是造成 T 細胞異質性的原因。CD4 T 細胞主要有高表達 FOXP3 的 Treg,濾泡輔助 T 細胞(CXCL13 表達),以及一小群高表達免疫檢查點分子的細胞(dysfunctional CD4 T cells)。分析每名患者的免疫細胞組成,發現大部分 T 細胞類群在患者中都存在,但是病人之間不同細胞類群的豐度有很大差異。喪失功能的 CD8 T 細胞的負荷可能是黑色素瘤的本質特征。

    圖 病人間免疫微環境異質性

    通過分析 T 細胞的 TCR 序列,發現不同病人的 TCR 克隆型構成差異較大。一些大的克隆中細胞類型也不同,主要表現為喪失功能的 CD8 T 細胞的富集和初始 T 細胞的缺失?;颊咧袉适Чδ艿?CD8 T 細胞的比例與 T 細胞的擴增程度呈現正相關。通過計算每個細胞的增殖分數,發現喪失功能的 CD8 T 細胞有高增殖細胞比例,比初始 T 細胞高出 10 倍。

    圖 黑色素瘤中 T 細胞的克隆擴增

     

    3、免疫治療

    靶向 PD-1/PD-L1 通路的免疫檢查點抑制劑的出現,給癌癥的臨床治療帶來了革命性的變化。然而 PD- 1 抗體的抑癌機制,并不完全為人所知。其中一個非常關鍵的問題是,PD- 1 抗體的抑癌效果,究竟是依賴于在治療前就存在于腫瘤中的浸潤淋巴細胞的再激活,還是治療之后,腫瘤外的殺傷 T 細胞進入腫瘤?這個問題,目前也是不清楚的。來自斯坦福大學醫學院的研究團隊,從接受 PD- 1 抗體治療前后的基底細胞癌(BCC)或鱗狀細胞癌(SCC)患者身上采集了 79046 個細胞(包括癌細胞和各種免疫細胞),進行了單細胞 RNA 測序和 TCR 測序?;趩渭毎?RNA 測序結果,細胞分成 19 個亞群。

    本研究的重點是免疫細胞,尤其是浸潤性免疫細胞,以及治療前后的變化,以了解克隆性 T 細胞對 PD- 1 抗體治療的反應。因此研究人員把所有的 33106 個腫瘤浸潤性 T 細胞做了個更細致的分類,包括表達 CD4 的調節性 T 細胞(Treg)細胞,濾泡輔助性 T(TFH)細胞,T 輔助細胞 17(TH17)細胞;以及表達 CD8 的幼稚細胞,記憶 T 細胞,效應記憶 T 細胞,活化 T 細胞,慢性活化 / 耗竭 T 細胞,中度耗竭 / 活化細胞。進一步分析發現,在 PD- 1 抗體治療之后,濾泡輔助性 T 細胞,以及活化,耗竭和耗竭 / 活化的 CD8 陽性 T 細胞的頻率增加,并且耗竭 T 細胞的克隆水平明顯更高。更為讓研究人員感到意外的是,對于同一個患者而言,治療后記憶 T 細胞和效應 T 細胞頻繁轉換為活化狀態,但是治療前的耗竭 T 細胞卻沒有變成治療后的非耗竭表型。這表明,即使在 PD- 1 抗體治療后,已經耗竭的腫瘤浸潤 T 細胞也很難變成活化狀態了。

    圖 治療前后 T 細胞的狀態轉換。

    此外,研究人員還觀察到一個有趣的現象,PD- 1 抗體治療后才出現的耗竭性 T 細胞表現出了新的 TCR 特異性。為了分析外周血中是否存在新發現的腫瘤浸潤性 T 細胞,研究人員給患者的血液樣品做了 TCR 測序,發現 35.5% 新腫瘤浸潤性 T 細胞可以在 PD- 1 抗體治療后的外周血中找到,而在治療前的外周血中只能找到 11.8% 的新腫瘤浸潤性 T 細胞,不過治療前的腫瘤里面卻沒有新腫瘤浸潤性 T 細胞。

    圖 新發現的腫瘤浸潤性 T 細胞在外周血中的比例

    總的來說,與“冷”腫瘤相比,“熱”腫瘤之所以響應 PD- 1 抗體的治療,可能是由于“熱”腫瘤自身的特性,讓它能夠不斷吸引新 T 細胞進入,而不是重新激活已有的腫瘤浸潤性 T 細胞。這項研究讓我們對免疫檢查點抑制劑的作用機制有了新的認知,這對臨床治療和療效的檢測都有一定的價值和意義。


    用于分割


    四、單細胞免疫組庫測序  

    10X genomics 提供了全面的單細胞免疫分析方案,可以在單細胞細胞基礎上同時檢測人類或小鼠的適應性免疫反應和數以萬計的 T 細胞和 B 細胞的免疫系統。通過精簡的工作流程,可以實現從樣品到文庫準備、免疫測序和軟件分析全套解決方案,揭示 T 和 B 細胞多樣性、V(D)J 重組和免疫細胞分析。

    單細胞免疫組庫檢測平臺

    單細胞免疫組庫測序流程

    應用領域

    基礎免疫學

    腫瘤免疫和免疫治療

    自身免疫性疾病和炎癥性疾病

    傳染病和疫苗研究

    移植和免疫重建

    樣本要求

    類型:細胞系,原代細胞,新鮮組織等

    來源:血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等

    樣本量:細胞 >1x105  細胞 / 樣本

    細胞活率:大于 80%,越高越好

    數據量:5K read pairs/cell

    數據分析

    數據過濾及統計:

    保留只含有一對 TRA 和 TRB 且測到 RNA 表達的細胞進行后續分析。

    樣本間 VJ 使用情況比較:

    每個樣本分別取 α 和 β 排名前十的 VJ 組合,所有樣本取并集畫 VJ 使用率熱圖。

    對比不同樣本的 VJ 使用情況可以看到 VJ 使用的特異性。

    多樣性指數等統計

    對樣本進行多樣性分析,多樣性指數和均一度如下表所示:


    不同細胞類型的克隆擴增分析   

    結合單細胞 RNA 測序的注釋結果,對每個樣本針對不同類型的細胞群進行克隆擴增分析。如下餅圖,針對不同的克隆擴增(n=1,n=2,n>=3)情況分別統計,不同顏色表示不同類型的細胞類型所占比例。

    案例解析

    題目:人類免疫細胞發展以及瘤內 T 細胞衰竭大規模平行單細胞染色質景觀分析


    原發腫瘤上皮細胞與內源性同系腫瘤浸潤淋巴細胞(TILs) 作為內聚單位的共培養尤其難以實現。研究人員運用空氣 - 液體界面(ALI) 方法從 >100 個人活組織切片或小鼠腫瘤中培養出患者來源的器官樣體(PDOs),在具有同基因免疫能力的宿主中作為腫瘤上皮細胞,并嵌入天然免疫細胞。10X Genomics Chromium 平臺通過同時檢測基因表達及免疫組庫圖譜發現,PDOs 腫瘤浸潤淋巴細胞準確地保留了原發腫瘤 T 細胞受體(TCR) 的圖譜。至關重要的是,人類和小鼠的 PDOs 成功地通過 anti-PD1 和 / 或 anti-PDL1 擴展和激活腫瘤抗原特異性腫瘤浸潤淋巴細胞并誘導腫瘤細胞毒性來模擬免疫檢查點阻斷(ICB)。內源性免疫基質與原發腫瘤上皮細胞的有機融合促進 TME 內的免疫腫瘤學研究,并促進個性化免疫治療檢測。


    免疫細胞的 5'V(D)J 和 5'RNA-seq 檢測

    原文出處:Neal J T, Li X, Zhu J, et al. Organoid modeling of the tumor immune microenvironment[J]. Cell, 2018, 175(7): 1972-1988. e16.

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    五、單細胞核轉錄組測序

    伯豪生物單細胞核轉錄組測序(single-nucleus RNA sequencing,snRNA-seq)是從組織抽提細胞核,然后在單個細胞核水平上對轉錄組進行高通量測序分析的一項新技術,通過檢測單個細胞核的基因表達狀態,進而揭示細胞間的異質性。

    技術流程

     單細胞核測序技術流程

    技術優勢

    1)對于很多珍貴的凍存組織樣本,可直接進行抽核進行單細胞核測序,拓展了單細胞測序測序的應用范圍。

    2)直接從組織抽提細胞核,去除蛋白酶對細胞類型的偏好性,可以真實反應組織內部各細胞類型的組成和比例。

    3)直接從組織抽提細胞核,不需要酶解消化,不需要恒溫(通常是 37℃)孵育,避免了在組織解離過程中誘導壓力相關基因的表達。

    4)對于很難通過消化拿到高質量的單細胞懸液的組織,繞過酶解消化,直接通過機械方法抽提細胞核,是一個更好的選擇。

     

    伯豪生物優勢

    高質量抽核:抽核經驗豐富,針對不同組織優化了解決方案。

    標準化內控:豐富的實操經驗構建了標準化的內控體系。

    流程化分析:完善的分析流程,準確快速解析單細胞核轉錄組數據。

    專業化團隊:資深的技術團隊具有多年項目方案設計、實驗操作、售后分析等經驗。

    全流程服務:提供組織抽核、單細胞核捕獲、反轉錄、建庫測序及數據分析的全套服務。

     

    送樣要求

    1.  組織用量:黃豆粒大小,1 塊。

    2.  樣本處理:組織液氮速凍,-80℃保存。

    3.  質量要求:組織 RNA 無降解,RIN≥7。

    4.  運輸方式:干冰運輸。

     

    應用方向

    冷凍樣本;通過消化難拿到高質量的單細胞懸液的組織類型。


    結果展示

    單細胞核轉錄組測序結果一

    小鼠肝臟單細胞核

    單細胞核轉錄組測序結果二

    人松果體單細胞核

    單細胞核轉錄組測序結果三

    小鼠大腦皮層單細胞核

     單細胞核轉錄組測序結果四

    小鼠心臟組織細胞核 RNA 質檢(RIN=8.9)

     單細胞核轉錄組測序結果五

    PCR 驗證組織與細胞核、組織與消化細胞的差別(0 為完全一致)

    結論:  小鼠大腦皮層,相比于消化細胞,細胞核的表達情況更接近于原始組織樣本。

     

    【單細胞轉錄組測序】VS【單細胞核轉錄組測序】結果對比

    1、隨著測序深度的不斷增加,單細胞核轉錄組測序(snRNA-seq)和單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)得到的基因數相近。

    單細胞核轉錄組測序結果六

    Single-cell DropSeq scDropSeq

    2、單細胞核轉錄組測序在細胞分群上與單細胞轉錄組測序沒有區別

    單細胞核轉錄組測序結果七

    單細胞核數據分群結果                                     單細胞轉錄組數據分群結果

     

    3、單細胞核轉錄組測序可有效挖掘稀有細胞類型

    單細胞核轉錄組測序結果八

    單細胞核轉錄組測序可以減少組織消化引起的偏差

    4、單細胞核轉錄組測序結果中發現較少壓力相關基因的表達

    單細胞核轉錄組測序結果九

    參考文獻

    [1]Habib, Naomi, Avraham-Davidi, Inbal, Basu, Anindita, et al. Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq[J]. Nature Methods, 2017, 14(10):955-958.

    [2] Wu, Haojia, Kirita, Yuhei, Donnelly, Erinn L, 等。Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis[J]. Journal of the American Society of Nephrology, 2018.

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